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Recomiendo altamente añadir los repositorios de RPM Fusion y RPM Sphere para tener acceso al software más actual a través de dnf. Y personalmente no odio Flatpak, pero si eres de esas personas que lo aborrecen deberías replantearte si de verdad quieres cambiar a Fedora o no porque hay muchos programas que resultan más convenientes de instalar a través de Flatpak.
El centro de software de Fedora actualiza tanto el software de los repos de RPM como de Flatpak a través de un solo front-end que a mi juicio integra bien ambos gestores de paquetes, aunque puedes usar la terminal si así lo prefieres.