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Enciende tu equipo, conecta los pendrives, webcams, controles, impresoras USB que uses y ejecuta un lsmod. Ahí tienes una base de los módulos que tendrías que compilar.
Luego en el árbol del kernel ejecutas "make x86_64_defconfig" para cargar una configuración por defecto que funciona.
Ahora viene lo bueno, ejecuta make menuconfig, o make gconfig (si quieres GUI, necesitas libgtk2.0-dev libglib2.0-dev libglade2-dev) y empieza configurar el kernel a gusto, siempre que no quites los módulos que sacaste con lsmod.